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本博客收录了来自PacBio--以及我们的合作伙伴和同事--的声音,讨论关于HiFi测序的最新研究、出版物和更新。
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Sequencing 101 Long-read sequencing
长读长测序技术,例如 PacBio HiFi 测序,正在迅速成为基因组学研究的新黄金标准。本文介绍了长读长测序是什么,以及探讨了它的技术优点、应用等主题的简介。
2022 年 SMRT Grant癌症转录组学项目赞助获得者
我们很荣幸地向大家介绍 2022 年 SMRT Grant癌症转录组学项目赞助的获得者,我们同样感到兴奋是看到他们希望通过更好地了解癌症生物学促进人类健康的潜力。
2022年SMRT补助金获得者
今年的 SMRT Grant 精准HiFi项目赞助收到了数百份申请和一系列创新的想法。我们从世界各地挑选了三位杰出的获胜者,他们试图从癌症生物学的奥秘到蜘蛛的进化,从而揭示大自然的秘密。以下是 2022 年的获胜提案:
通过 SMRT Grant计划,PacBio 公司将免费的 HiFi 测序服务颁给有潜力在全系列测序应用领域中推动科技进步的优秀研究提案。
我们感谢亚利桑那基因组研究所、华盛顿基因组研究所和乌普萨拉基因组中心的慷慨支持。如果没有这些杰出的合作伙伴,今年的 SMRT Grant 精准HiFi 项目赞助将无法实现。
HiFi 的不同之处:开启参考泛基因组时代
PacBio HiFi 测序已在众多研究项目中用于生成参考级别质量的基因组,其中最知名的一项莫过于最终完成的人类基因组的完整测序。 继该项目之后,人类泛基因组参考联盟 (HPRC) 目前正在生成 300 多个参考级基因组,旨在充分捕捉人类群体的遗传多样性。
HiFi 技术优势——更精准的基因组,致力精准医疗
PacBio HiFi 测序可提供更为精确的数据,能够显著影响遗传关联性研究的分辨率,减少所需的队列规模。 PacBio HiFi 测序能够提供更准确、更连续、更完整(即更精确)的遗传信息,是一项关键的赋能研究技术,有助于实现基因组学的承诺——通过精准医疗改善人类健康。
HiFi 的不同之处——节省深度,结果更优,同样实现千兆碱基测序
迄今为止,已有数百篇文章描述了用于微生物、真菌、植物、动物和人类基因组 De Novo 组装的 PacBio HiFi 测序,而科学界也通过多次基准比较验证了 PacBio HiFi 测序的一流性能。
事半功倍—— 采用 HiFi 测序进行单基因检测
俗话说,鱼与熊掌不可兼得,那么是否可以在节省时间和资源的同时提高得到的数据质量呢? 在多数情况下,这似乎是不可能完成的任务。 但最近,一些研究人员发现,通过使用 HiFi 长读长的靶向单基因测序,实现这一目标已成为可能。
HiFi 宏基因组学:更多样本、更多物种、更多 MAG
从这场网络研讨会能够看到,结合 PacBio HiFi 测序,这套新的分析工具所能提供的数据具有无与伦比的质量和宽度,助力微生物学家获得前所未有的微生物群落的分类细节和功能信息水平。
HiFi 的不同之处——找到正确答案
PacBio HiFi 可直接对未经改动的 DNA 分子进行测序,不仅便于用户查看整个基因组(包括由于短读长测序仪本身的局限性而被视为难以用 NGS 测序的区域)的全貌,而且不会导致出现此类偏差,而使用合成的长读长结构则无法克服这一挑战。
农业基因组学用于病虫害研究
在处理生命周期短且繁殖速度快的昆虫、真菌和微生物时,经常会遇到在单一种群中存在高度可变的遗传学问题。 幸运的是,HiFi 测序已成为一种方便的工具,可帮助研究人员找到昆虫、真菌和微生物中负责免疫、代谢解毒和抗杀虫剂的新型基因。
HiFi 的不同之处——基因组组装中的单倍型定相
PacBio 推出的 HiFi 测序可提供必要的、高度准确的长序列 reads 组合,让我们能够常规生成完全定相的二倍体基因组组装,反应了生物样本的真实基因组信息,揭示了生物体基因组学的全貌。
农业基因组学用于基因组工程
为了能够编写新的基因组,科学家必须能够快速可靠地读取基因组。 幸运的是,HiFi 测序提供了一个可靠的解决方案,可提供高质量的参考基因组,帮助研究人员设计编辑实验,同时可提供全面的序列数据,用于验证构建体、确认编辑和评估脱靶效应。
农业基因组学用于作物和牲畜育种
无论是增强标记开发、促进生产更有营养的食品、保护牲畜健康还是提高作物产量,从全面 HiFi 测序中获得的生物学见解对于农业行业来说都是不可估量的。
HiFi 的不同之处——测序端粒
上周,端粒到端粒 (T2T) 联盟宣布,他们获得了人类基因组的第一个完整序列。时至今日,科学界依然对这项惊人的成就议论纷纷。PacBio HiFi 测序的表现十分突出,它使用来自 T2T 联盟最近测序并组装的 CHM13 样本中的数据完全解析了端粒的长度和序列内容。