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基因治疗+基因编辑

长读长 HiFi 测序助力基因治疗研究

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基因治疗解决方案

高精准度 HiFi 测序助力研究人员全面发现、构建设计和确认他们的基因治疗方法。

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使用全长 AAV 测序改进载体设计

通过全长、高精准度 AAV 测序发现、验证和改进 AAV 载体构建。

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验证表达载体是否表达所需的转录本

通过三代全长转录组测序(Iso-Seq 方法)确认基因治疗载体正在表达蛋白质合成所需的转录本。

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确认 CRISPR-CAS9 基因编辑结果

对以前无法触及的基因组区域进行测序,以碱基水平分辨率研究致病的重复扩增。

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自选网络研讨会

用于发现、设计和生产 AAV 基因治疗的高精准度 HiFi reads

  • 了解 AAV 测序的挑战以及使用 PacBio 长读长解决这些亟待解决的问题的独特优势
  • 了解生物制药研究人员如何使用高精准度 HiFi reads 进行载体发现、设计和质量控制
  • 了解 PacBio AAV 解决方案和分析

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基因治疗的优势和腺相关病毒 (AAV) 载体的前景

AAV 基因治疗可以解决导致疾病的潜在遗传问题,并且有望帮助改善人类健康。通过深入了解疾病潜在遗传成分,科学家们可以改进 AAV 基因治疗并改变疾病进程。

PacBio AAV 测序具有明显优势,能够以高精准度对整个完整的约 4.7 kb 的结构进行测序。获得全长的能力对于发现和识别片段产物非常重要,而高精准度对于识别不需要的突变也至关重要。

分析 将包装的基因组作为单个完整分子进行全面分析
评估 无需过多准备即可直接评估载体完整性
提示 揭示载体制备中片段基因组与全长基因组的相对分布
检测 检测包含源自质粒骨架的序列的反向包装基因组
识别 从包装辅助质粒中识别序列
查找 查找与反向末端重复 (ITR) 嵌合的宿主细胞基因组序列——包含载体序列
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HIFI 测序在基因治疗中的优势

关于基因治疗的常见问题

基因治疗是一种治疗遗传疾病的方法,通过添加、删除或校正患者细胞中的遗传物质进而改变疾病的进程。

通过直接递送进行基因治疗的过程是从患者体内提取细胞,通过治疗基因进行修饰,然后再注射回患者体内。或者,使用基于细胞的递送方法,利用 CRISPR-Cas9 编辑体外靶向细胞,然后直接转移回患者体内。

腺相关病毒 (AAV) 是一种大小约为 4.7 kb 的无包膜病毒,通过工程改造的 AAV 可将 DNA 递送至靶细胞。 由于其低毒性[2]、依赖其他病毒进行复制[3],并具有广泛的嗜性以及感染分裂和非分裂细胞的能力,腺相关病毒(AAV)载体常作为首选载体。

1Berns, K. I., & Muzyczka, N. (2017). AAV: An Overview of Unanswered Questions. Human gene therapy, 28(4), 308–313.

2Meier AF, Fraefel C, Seyffert M. The Interplay between Adeno-Associated Virus and Its Helper Viruses. Viruses. 2020; 12(6):662.

高精准度和完整的可视性对于基因治疗产品的新型载体发现、载体设计和生产质量控制的成功至关重要。HiFi 测序能够以高精准度对全长 AAV 基因组进行测序,是理想的解决方案。

HiFi 可助您实现

  • 对整个 AAV 分子进行测序,以发现能够改善组织特异性递送的新型衣壳结构1
  • 识别可能影响治疗安全性和完整性的结构变异、片段、嵌合体,甚至人类宿主材料2

1Reference: Structural characterization of a novel human adeno-associated virus capsid with neurotropic properties (nature.com) NATURE COMMUNICATIONS | (2020) 11:3279 | https://doi.org/10.1038/s41467-020-17047-1 | www.nature.com/naturecommunications.

2Reference: Tai, P.W. et al. (2018) Adeno-associated virus genome population sequencing achieves full vector genome resolution and reveals human-vector chimeras. Molecular Therapy. 9:130–141.

短读长、qPCR 和准确度低的长读长技术可能会错过 AAV 序列中可能存在的重要变化,进而可能影响基因治疗产品的安全性和有效性。HiFi 测序能够以高精准度对全长 AAV 基因组进行测序,是检测片段、突变和大型结构事件的理想解决方案。

基因治疗技术应用

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使用高精准度 HiFi reads 以单分子分辨率验证基因治疗

了解基因编辑实验方案如何从多个阶段的长读长测序中受益,以优化和增强载体完整性。

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用于基因治疗应用的高精准度 SMRT 测序

马萨诸塞大学医学院的 Phillip Tai 讨论了他关于 AAV 载体中 CRISPR-Cas9 组分设计兼容性的研究。

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研究人员通过 HIFI 测序揭示了 AAV 包装基因组中采用短读长测序无法检测的杂质

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本站的综合信息文库中收录了大量文献、报告、论文和视频,单击下方按钮立即探索更多内容。

获取更多资源

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用于验证 AAV 结构的高精准度 HiFi reads 的优势

PacBio 的 AAV 端到端工作流程和灵活的实验方案使科学家们能够将包装基因组作为单个完整分子进行全面分析,以识别可能影响 AAV 载体基因治疗的安全性、有效性和成本效益的潜在污染物。

  • 发现新的潜在衣壳结构
  • 进行载体质量控制实验
  • 评估所得结构的安全性

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准确确认 CRISPR-CAS9 脱靶测序和分析

乌普萨拉大学的 Ida Hoijer 向我们分享了她的研究——开发用于检测 CRISPR-Cas9 脱靶效应的长读长测序方法以及定制分析流程。

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SMRT 测序揭示了超乎想象的 CRISPR-CAS9 编辑的多样性

通过使用长读长 SMRT 测序,研究人员发现 CRISPR-Cas9 方法导致的基因组变化(包括大规模缺失和重排)远超先前预期。

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PACBIO 测序揭示 AAV 与人类宿主基因组的整合

通过使用 PacBio 长读长测序,研究人员在整合位点处发现大规模重排,这可能会影响载体完整性和基因治疗药物的安全性

了解原理

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应用手册

AAV 测序最佳实践

通过高度准确的长读长测序 (HiFi reads) 可加速发现并全面评估腺相关病毒 (AAV) 载体质量

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