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全基因组测序

全方位探索基因组,助力研究和发现

了解原理

全基因组测序解决方案

PACBIO HIFI 集高精准度、长读长和无偏覆盖于一体,能够提供真正全面的视图。

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人类全基因组测序

完全表征人类基因组,更好地理解健康和疾病的复杂性。

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动植物全基因组测序

快速经济地提供连续、完整且正确的从头组装,即使是最复杂的基因组也不在话下。

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微生物全基因组测序

即使是高度重复、GC 含量高的基因组,也能获得完整染色体和质粒序列。

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全基因组测序简介

采用PacBio HiFi 测序开展全基因组测序(WGS)依托长读长单分子测序读段,可实现 90% 碱基质量值≥Q30,获得更完整、更精准的基因组序列。

连续型与定相基因组组装
HiFi 测序读段兼具读长与准确度的独特优势,能够解析复杂重复序列、片段重复及着丝粒区域,进而构建出连续性更高、可定相的基因组组装结果。

变异检测的精确率与召回率
HiFi 测序读段对各类变异类型的检测均具备高准确度,尤其在人类基因组中检测难度最高的区域表现突出。

甲基化检测
HiFi 测序无需额外开展文库制备,即可同步检测5 – 甲基胞嘧啶(5mC)与6 – 甲基腺嘌呤(6mA)。该技术特性可结合定相单倍型分析解析甲基化图谱,且仅通过单次测序实验即可完成对甲基化异常的检测与分析。

全基因组测序应用

Stock Image of schoolchildren for Human whole genome sequencing

为罕见及遗传疾病研究扩展人类全基因组测序

了解 PacBio HiFi 全基因组测序如何用于罕见病研究。

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全基因组测序助力揭示阿尔茨海默病发病风险的潜在驱动因素

研究对比了 245 例阿尔茨海默病(AD)样本与 248 例未患阿尔茨海默病的百岁老人的 HiFi 基因组,鉴定出与该疾病潜在相关的结构变异及甲基化模式。

 

阅读文献

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揭秘与罕见病相关的结构突变

了解 Alexander Hoischen 的研究团队如何利用长读长测序发现……

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本站的综合信息文库中收录了关于全基因组测序相关的文献、报告、论文和视频,单击下方按钮立即访问获取更多内容。

访问参考资料

全基因组测序应用

变异检测

从 SNV 到结构重排,高度准确的单分子长读长测序是您准确分类各种突变的踏实基础。

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De novo 测序

HiFi reads 长达 25 kb,可以高效且低成本地生成最复杂基因组的从头组装。

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基因组结构

HiFi 数据可提供短读长技术常常遗漏的基因组结构信息。此外,还可生成长读长数据,即便是在基因组的高度重复区域中。

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表观遗传学

HiFi 测序支持在正常测序运行中捕获表观遗传学修饰——无需特殊化学反应或准备条件。

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全基因组测序——PACBIO 对比表现

PacBio HiFi Illumina Oxford Nanopore
平均读长1
15–20 kb
2 x 150 bp 10–100 kb
平均 read 准确度1
99.95% (Q33) 99.92% (Q31) 99.26% (Q21)
覆盖度2
无偏 低和高 GC 区域降低 Reduced in low-complexity runs
变异检出:SNVs
变异检出:插入缺失
变异检出:SVs
基因组组装:连续性
基因组组装:准确度
表观遗传学:5mC

1. PacBio HiFi: HG003 18 kb library, Sequel II system chemistry 2.0, precisionFDA Truth Challenge V2 (https://doi.org/10.1101/2020.11.13.380741), Illumina: HG002 2×150 bp NovaSeq library, precisionFDA Truth Challenge V2 (https://doi.org/10.1101/2020.11.13.380741), ONT: Q20+ chemistry (R10.4, Kit 12), Oct 2021 GM24385 Q20+ Simplex Dataset Release (https://labs.epi2me.io/gm24385_q20_2021.10/)
2. HiFi+ONT: Nurk 2021 https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798, HiFi+Illumina: Logsdon 2020 https://doi.org/10.1038/s41576-020-0236-x, ONT: Tan 2022 https://doi.org/10.1101/2022.01.11.475254

全基因组测序工作流程概览

易于使用的高通量测序流程,以合理的成本获得所需的测序准确度

简易直观的文库构建

只需一下午即可完成从样本到测序仪的过程

完整且准确的测序

获得准确、无偏的长读长数据

直接检测表观遗传学修饰

通用的文件类型

分析数据时使用的基因组组装和分析工具均十分常见

PacBio 全基因组测序常见问题

全基因组测序(WGS)是一项功能强大的 DNA 测序技术,可测定生物体完整的基因组遗传序列。所有生命体都拥有由四种核苷酸碱基组成的独特遗传密码:腺嘌呤(A)、胸腺嘧啶(T)、胞嘧啶(C)和鸟嘌呤(G)。WGS 会对全部 DNA 进行分析,既包括编码基因,也覆盖非编码区域,从而全面呈现遗传变异、突变情况与生物学功能。

WGS 在基因组学、基因研究和精准医学中发挥着关键作用。

在人类健康领域,全基因组测序可帮助鉴定遗传性疾病、揭示疾病发病机制、追踪感染性病原体,并支撑个性化治疗方案的制定。

在动植物研究中,WGS 助力发掘耐气候相关性状、优化育种计划、提升抗病能力,并保护遗传多样性。

在微生物基因组学与公共卫生领域,WGS 用于追踪传染病暴发、分析人体及环境中的微生物组,并发现可推动生物技术进步、改善人类健康的新型生化通路。

通过完整呈现生物体的 DNA 信息,全基因组测序已成为基因组分析、生物技术创新和高端基因检测领域最重要的工具之一。

HiFi 测序凭借高准确度长读长,彻底革新了全基因组测序(WGS)。它将超过 99.9% 的准确度(Q30–Q40)与 10–25kb 以上的长读长相结合,让研究人员可通过单一工作流程,生成完整、可分型、高度可靠的基因组数据。

短读长测序相比:

HiFi 的长读长能够跨越基因组中的重复序列和低复杂度区域。人类基因组中许多这类疑难区域都包含与医学相关的基因,相比短读长,HiFi 能提供更全面的测序结果。此外,短读长若不进行额外的文库制备,无法实现基因组远端区域的分型分析,也无法提供甲基化信息。

其他长读长测序相比:

HiFi 读长准确度更高,意味着在全基因组测序中实现精准变异检测所需的测序深度更低,整体更具成本效益。

可以。HiFi 测序可同时测定DNA 分子中单个碱基的碱基类型与甲基化状态。

甲基化判定基于测序聚合酶的动力学特征(脉冲宽度与脉冲间隔时间),通过统计模型对动力学信息进行分析,从而推断甲基化状态。

与大多数测序技术不同,HiFi 全基因组测序无需额外文库制备(如亚硫酸氢盐测序)即可获得甲基化信息,因此成本更优。

目前 HiFi 可支持 5 – 甲基胞嘧啶(5mC)和 N6 – 甲基腺嘌呤(6mA)的甲基化检测,**5 – 羟甲基胞嘧啶(5hmC)** 检测功能也即将推出。

 

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