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农业基因组学

充分利用基因组学的力量,以前所未有的方式推动农业创新。

农业基因组学解决方案

无论您的研究重点是作物或牲畜育种、基因工程还是病虫害防治,HiFi 测序都能提供十分出色、详细的基因组数据,以满足您雄心勃勃的研究计划的需求。

animal health breeding icon

基因组育种

使用 HiFi 测序,通过快速组装定相参考级别质量的基因组来推断最理想的复杂性状,从而更好地进行育种。

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white icon for plant and animal sciences

动植物基因工程

使用 HiFi reads,快速可靠地创建高质量的参考基因组、验证构造子、确认编辑并评估脱靶效应。

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white icon of a pest insect

病虫害研究

深入研究超高质量和特异性的基因组和转录组。揭示调控免疫、代谢解毒和杀虫剂耐药性等特性的难以发现的新基因。

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关于农业基因组学的常见问题

A pangenome is a collection of genomes from a population of species that represents the genetic diversity of the population. Pangenomes typically are 20-30 genomes depending on the biodiversity of the population. Pangenomes obtained through HiFi sequencing can be resolved into haplotype databases for enhanced trait imputation for desirable phenotypes for breeding.

Whole genome sequencing, transcriptome sequencing, epigenomics, metagenomics, and the targeted sequencing of plants, animals, fungi, bacteria, and complex populations can all be leveraged for your agricultural research in different areas. This includes breeding, pest management, and genome engineering.

Genome engineering, or gene editing, is a process where scientists can change the genetic information of agriculturally important species with biomolecular tools such as CRISPR-Cas9. HiFi sequencing can help you validate where edits are made on a genome-wide or targeted basis. It can also help you design more efficient workflows with extremely accurate genomic information.

HiFi sequencing enables agriscientists to generate haplotype-resolved, high-quality genomes that span most variant types. Complex traits, such as drought resistance and pest resistance, can be explained by a combination of genes, structural variants, copy number variants, and more. Agriscientists can harness this genetic information to inform marker development.

农业基因组学实际应用

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大豆泛基因组捕获遗传多样性

了解如何使用 HiFi reads 来识别关键的结构变异,以进行功能研究并培育世界上最重要的蛋白质来源之一。

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全基因组测序最佳实践

请参阅推荐的从头获取参考级别质量基因组的工作流程。

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HIFI 测序 — 更好地了解牛基因组

评估如何使用 HiFi 测序来组装具有数百种对表型至关重要的结构变异的牛泛基因组,同时获得出色的覆盖度、质量、准确性和完整性指标。

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探索

本站的综合信息文库中收录了关于动植物基因组相关的文献、报告、论文和视频,单击下方按钮立即探索更多内容。

探索资源

“……高质量的 [HiFi] 基因组能够识别多种复杂变异,而简单地将短读长定位到单个基因组是无法检测到这些变异的……”

— Yucheng Liu 等,2020《Cell》

农业基因组学用于基因组工程

使用高精准度 HiFi 测序数据获取复杂的基因编辑计划所需的详细序列信息。

• 使用准确的参考基因组加快设计工作流程。
• 在转录组中寻找剪切变异体。
• 验证编辑的位点。
• 捕获在靶和脱靶效应。
• 确定染色体间的结构重排。

roundel image of cells in solution

农业基因组学博客系列

阅读我们最新的博客系列,详细了解生物多样性如何推进育种,基因组学如何保护作物和牲畜,以及提高准确性对基因编辑工作流程有何意义。

作物和牲畜育种     病虫害研究     基因组工程

Agrigenomics blog series image showing icon for breeding, pests and biology

PacBio vs Oxford Nanopore*

长读长测序性能 PacBio HiFi 测序 Oxford Nanopore
满足质量目标所需的覆盖度 19x 二倍体 56x 二倍体
所需的 CPU 时间 (h) 600 2200
所需的内存使用峰值 200GB 750GB

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*Alexander S. Leonard, Danang Crysnanto, Zih-Hua Fang, Michael P Heaton, Brian L. Vander Ley, Carolina Herrera, Heinrich Bollwein, Derek M. Bickhart, Kristen L. Kuhn, Timothy PL. Smith, Benjamin D. Rosen, Hubert Pausch. Structural Variant-based Pangenome Construction has Low Sensitivity to Variability of Haplotype-resolved Bovine Assemblies. [Preprint] bioRxiv 2021.11.02.466900; doi: https://doi.org/10.1101/2021.11.02.466900

农业基因组学应用

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全基因组测序

快速经济地创建连续、完整且正确的从头组装,即使是最复杂的基因组也不在话下。

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结构变异检出

使用错误率低的高灵敏度变异检出,获得不同种群的实用见解。

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靶向测序

将长读长测序与靶向序列捕获相结合,全面了解特定目标基因组区域,无需考虑目标区域的大小。

rna sequencing icon

RNA 测序

利用异构体测序 (Iso-Seq) 方法可获得全长 cDNA 序列 — 从 5′ 到 poly-A 尾,从而可靠地表征整个转录组。

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