农业基因组学解决方案
无论您的研究重点是作物或牲畜育种、基因工程还是病虫害防治,HiFi 测序都能提供十分出色、详细的基因组数据,以满足您雄心勃勃的研究计划的需求。
关于农业基因组学的常见问题
农业基因组学实际应用
大豆泛基因组捕获遗传多样性
了解如何使用 HiFi reads 来识别关键的结构变异,以进行功能研究并培育世界上最重要的蛋白质来源之一。
“……高质量的 [HiFi] 基因组能够识别多种复杂变异,而简单地将短读长定位到单个基因组是无法检测到这些变异的……”
— Yucheng Liu 等,2020《Cell》
农业基因组学用于基因组工程
使用高精准度 HiFi 测序数据获取复杂的基因编辑计划所需的详细序列信息。
• 使用准确的参考基因组加快设计工作流程。
• 在转录组中寻找剪切变异体。
• 验证编辑的位点。
• 捕获在靶和脱靶效应。
• 确定染色体间的结构重排。
PacBio vs Oxford Nanopore*
长读长测序性能 | PacBio HiFi 测序 | Oxford Nanopore |
满足质量目标所需的覆盖度 | 19x 二倍体 | 56x 二倍体 |
所需的 CPU 时间 (h) | 600 | 2200 |
所需的内存使用峰值 | 200GB | 750GB |
*Alexander S. Leonard, Danang Crysnanto, Zih-Hua Fang, Michael P Heaton, Brian L. Vander Ley, Carolina Herrera, Heinrich Bollwein, Derek M. Bickhart, Kristen L. Kuhn, Timothy PL. Smith, Benjamin D. Rosen, Hubert Pausch. Structural Variant-based Pangenome Construction has Low Sensitivity to Variability of Haplotype-resolved Bovine Assemblies. [Preprint] bioRxiv 2021.11.02.466900; doi: https://doi.org/10.1101/2021.11.02.466900
农业基因组学应用
全基因组测序
快速经济地创建连续、完整且正确的从头组装,即使是最复杂的基因组也不在话下。
结构变异检出
使用错误率低的高灵敏度变异检出,获得不同种群的实用见解。
靶向测序
将长读长测序与靶向序列捕获相结合,全面了解特定目标基因组区域,无需考虑目标区域的大小。
RNA 测序
利用异构体测序 (Iso-Seq) 方法可获得全长 cDNA 序列 — 从 5′ 到 poly-A 尾,从而可靠地表征整个转录组。