Kinnex是什么？
Kinnex试剂盒基于MAS-Seq测序法，通过将较小的扩增子（amplicons）串联（concatenate）为更大的片段文库，从而实现通量提升。
Kinnex试剂盒可显著提升PacBio长读长测序系统在全长RNA测序，单细胞RNA测序，16S rRNA测序应用中的通量，其分辨率优势使大规模研究成为可能，而短读长RNA测序技术难以实现此类精度。
白皮书
用于癌症研究的全长转录组和单细胞RNA测序
Iso-Seq方法（利用PacBio HiFi测序技术进行全长RNA测序）已被证明能够通过明确地在群体水平和单细胞水平表征转录本异构体来推动癌症研究的发展。PacBio Kinnex RNA试剂盒进一步提高了HiFi长读长测序仪的通量。本白皮书重点介绍了癌症研究领域的相关文献，以展示群体和单细胞Iso-Seq数据如何检测融合基因、鉴定可能作为疫苗候选物新表位的新型异构体，以及追踪克隆进化。
长读长测序在RNA应用中的价值
“相较于短读长RNA测序，长读长RNA测序能够更精准地检测特定异构体的存在与否”
Schertzer et al. (2024)
KINNEX 应用试剂盒
 Kinnex 长读长 RNA试剂盒 |
 Kinnex 单细胞RNA 试剂盒 |
 Kinnex 16S rRNA 试剂盒 |
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| 试剂盒优势 | 通过灵活的样本多重分析发现全长异构体 | 以极高的精准度发现细胞类型特异性亚型 | 全长 16S rRNA测序用户物种鉴定 |
| 测序总通量 |
15-20M (Sequel II) 20-30M (Vega) 50-60M (Revio SPRQ) |
30-40M (Sequel II) 50-60M (Vega) 100-120M (Revio SPRQ) |
20-25M (Sequel II) 30-40M (Vega) 70-80 (Revio SPRQ) |
| 样本多重分析建议* |
5M × 3-plex (Sequel II) 5M x 6-plex (Vega) 10M × 6-plex (Revio SPRQ) |
1-plex (Sequel II) 1- or 2-plex (Vega) 1- or 2-plex (Revio SPRQ) |
384-plex (Sequel II) 384- to 768-plex (Vega) 384- to 1,536-plex (Revio SPRQ) |
| 分析 | SMRT Link v13.0 and above | SMRT Link v13.1 and above | SMRT Link v13.0 and above |
* 样本多重分析与读长深度建议会因实验目标、组织类型和物种而异
Technical note
Concatenating cDNA or gDNA amplicons using Kinnex kits to increase throughput
Kinnex kits can be used as a general concatenation kit for cDNA or gDNA amplicons, which can increase the throughput by 8-, 12-, or 16-fold, and decrease sequencing cost. Read the tech note to see how you can use or modify your amplicon for cost-effective sequencing with Kinnex kits on PacBio’s long read sequencers.
