Written by: Menzies Chen, Associate Director, Product Management, Informatics
无论是访问短读长无法测序的人类基因组区域，还是为所有生物学领域的基因组组装提供动力，在 PacBio，我们都在不断寻找方法，让我们的客户能够使用我们的长读长测序技术发现更多未解之谜。
今天，我们很高兴通过推出 SMRT Link v11.0 来分享这一目标的最新里程碑。 新版本软件现已提供下载，它解锁了令人兴奋的新功能和更新菜单，包括：
支持 SMRTbell prep kit 3.0
SMRT Link 已更新以支持新的 SMRTbell prep kit 3.0。 这可将工作流程时间减少多达 50%，并将输入 DNA 的需求减少多达 40%，也就是每个人类基因组可低至 3 ug，或在多重测序许多较小的基因组时低至 300 ng。 新版本的SMRT Link 也是对PacBio在二月份推出的新品牌形象的呼应。
5mC 直接检测：访问基因组数据的新维度
SMRT Link v11.0 增加了一项新功能，可直接测量天然 DNA 样本中 CpG 位点的 5-甲基胞嘧啶（即 DNA 甲基化）。 通过在 SMRT Link Run Design 中激活 5mC 调用，Sequel II 和 IIe 系统现在将在 .bam 文件中输出带有标签的 HiFi 数据，这些标签指定了 CpG 位点 5mC 甲基化的位置和概率。 添加的 BAM 标签仅将 HiFi 数据的大小增加了约 5%，并且无需对当前工作流程进行额外修改，只需使用更新软件中默认为 WGS 应用程序启用的选项。 5mC 调用也可以对之前版本的 SMRT Link 生成的数据和动力学数据进行分析。
异质双工过滤
异源双链体是 DNA 分子，其中正向和反向链不是完美的反向互补。 使用 SMRT Link v11.0，用户现在可以自动检测 SMRTbell 库中的异源双链，从而分别从每条链中输出序列。 异质双链检测是对以前版本的 SMRT Link 使用的 by-strand 模式的改进替代。 此选项可用于运行设计中的腺相关病毒测序、全长 16S rRNA 测序或我们的扩增子应用程序。
默认提供 HiFi 数据
随着我们以 HiFi 测序提供的高精度数据为基础，我们正在改进从我们的仪器中输出数据时的打包方式。
在 SMRT Link v11.0 中，Sequel IIe 仪器现在将默认输出 HiFi 数据，方法是为每个仅包含 HiFi 读取 (Q20+) 的 SMRT Cell 生成 *.hifi_reads.bam 文件。 但是用户仍然可以使用运行设计中的参数访问低质量reads。 如我们更新的用户指南中所述，依赖subreads进行工作流程的用户仍然可以通过导入运行设计 CSV 来访问它们。 在 Sequel II 仪器上，产生 HiFi reads 的循环一致性测序将通过 SMRT Link 自动执行。 这简化了指定 CCS 处理发生位置的需要，并消除了存储大量subreads数据的需要。
SMRT Link 中的仪器视图
SMRT Link v11.0 现在提供连接仪器的视图，以便在 SMRT Link 中提供仪器状态和实时指标。
SMRT Cell 状态指示器显示 Sequel II 和 IIe 仪器上的 SMRT Cells 是在进行中还是完成，以及错误状态。 Run Completion 列显示了运行完成时间的当前估计值，新的 Sequencing ZMWs 视图显示了当前正在测序的 SMRT Cell 上的活动零模波导图。
SMRT 链接示例设置 HT
在计算通过退火、结合和清理步骤准备样品所需的体积时，SMRT Link v11.0 现在还具有高通量模式，该模式将输出指令以与用户一起处理多个样品的方式保持一致。 此模式会生成用于生成大量预混液的指令，然后将预混液分份并与每个样品混合。
这是此版本亮点的总结，还有更多内容发生在幕后。 请继续关注未来的帖子，这些帖子将突出我们软件中的新特性和功能，并为产品团队的设计决策提供一些启示。 如果您有任何意见、问题或建议，请通过 SWProduct@pacificbiosciences.com 与我们联系，并订阅有关我们的新功能、产品和版本的更深入的帖子。
