免疫疗法会是下一个重大的抗肿瘤突破吗？抑或是肿瘤微环境或微生物组的治疗性改变？还是早期检测和筛查？
PacBio 公司微生物基因组学、肿瘤和免疫学市场战略总监 Meredith Ashby 表示：无论结果如何，长读长测序技术都能在研究过程中发挥关键作用。
在 Lab Compare近期的一篇文章中, Ashby 强调了单分子实时（SMRT）测序能够让研究人员在基因组和转录组层面对肿瘤有了更深入的了解。
SMRT 测序可以通过在单个读数中跨越非常大的结构变体，在变体可能协同作用影响治疗反应的情况下提供论证。Ashby 阐述了最近的研究工作工作， Memorial Sloan Kettering 癌症中心和其他机构的科学家使用 SMRT 测序法来探索为什么某些病人对 alpelisib（一种靶向 PI3Kα 抑制剂）是 “超级获益者”。沿着 PIK3CA 转录本对所有变体进行分期的能力显示，与那些只有一个突变或突变存在于反式的患者相比，顺式的远端突变患者对治疗的反应明显改善。
长读数还可以帮助确定涉及 “难以测序 “基因的癌症风险状态，这些基因具有高度同源的非活性假性基因。例如，长读数可以区分 PMS2 中的 SNVs、indels 和较大的重排与非活性假基因 PMS2CL 中的重组。
最后，通过 Iso-Seq 方法产生的全长转录本可以区分异构体，以提供对肿瘤生物学的洞察力或作为更好的生物标记物。 Ashby 指出，长读数可以揭示隐性外显子、保留的内含子和其他拼接变化，这些往往是癌症特有的，因此可能在通常用于帮助短读数转录本组装的基因模型中缺失。Ashby举了一个例子，雄性激素受体（AR）异构体的定向 SMRT 测序显示，AR-V9 的结构以前被错误地描述了，而且更正后的异构体信息可用于改善对前列腺癌的耐药性预测。
“她说：”虽然十几年的短读数据在抗肿瘤研究领域展现了了真正令人兴奋的信息，但仅仅通过不同的视角就可以学到更多的东西。
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