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Revio 系统 + SPRQ 化学

精准的长读长测序在一定程度上为您揭示更多信息

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大规模HiFi测序

Revio系统搭载SPRQ化学试剂，结合高密度SMRT Cell芯片、单次运行支持4块芯片的能力以及24小时运行时长³，每日可产出高达480 Gb²,⁵的HiFi读长数据，相当于每年完成2,500例⁴人类全基因组测序。

仅需5000美元⁶即可获得完整单倍型定相基因组

HiFi测序技术通过单次建库和测序运行，即可同时捕获单核苷酸变异（SNV）、结构变异（SV）、重复序列扩展、甲基化修饰及单倍型定相信息。借助这一全面基因组解决方案，您可替代多种传统检测方法，在简化流程的同时节省时间与资源，并获取更深入的生物学洞见。

低起始量实现规模化长读长基因组测序

Revio系统的SPRQ化学试剂仅需500 ng天然DNA即可完成测序，且无需牺牲通量或数据质量。这一突破使更多样本类型（如珍贵临床样本或微量样本）的测序成为可能。

集成5mC与6mA甲基化检测，支持多组学Fiber-seq染色质分析

SPRQ化学试剂联合Google Health的DeepConsensus算法，在保障超高测序精度的同时，可稳定检测5mC与6mA甲基化修饰。优化的文件格式通过质量值分箱（quality value binning）和智能读长排序（smart read ordering）降低数据存储需求，简化数据处理并最大化效率。

获取产品手册

Image of Revio system facing left - PacBio

简化的耗材

Revio 系统用的耗材更少，优化后便于追踪且大大减少浪费，从而简化了 HiFi 测序体验。工作流程改进后，花不到一分钟时间就能将耗材加载到仪器上。

Revio SPRQ 聚合酶试剂盒

经特殊优化的试剂可高效结合聚合酶，支持单次制备 **24个SMRTbell文库**，满足大规模测序需求。

Revio SMRT Cell 托盘

一个托盘包含 4 张高密度 SMRT Cell 芯片，每张都有 2500 万个零模波导孔。

Revio SPRQ 测序板

单次运行可支持 **最多4块Revio SMRT Cell的测序任务。测序板整合了 Sequel IIe系统的多个组件，包括：  测序板  管盖和密封耗材，样本板， 混合板， SMRT Cell油 。

HiFi级别的精准性与数据质量

 

搭载SPRQ化学试剂的Revio系统可生成卓越的读长、数据质量及变异检测性能，这正是HiFi测序备受推崇的核心优势。

呈现更完整的基因组

完整无间隙的人类基因组标志着基因组学的新纪元——基因组中再无“不可见”区域。2021年，端粒到端粒（T2T）联盟利用PacBio HiFi技术填补了这些空白。

读长表现

HiFi读长可达数十千碱基（kilobases），能够精准解析大型变异并覆盖基因组中的复杂区域。

读长与碱基质量

Revio系统通过超群准确性提供可靠结果：  90%的碱基质量值 ≥ Q30  ；读长中位准确度 ≥ Q30。

变异检测*

Revio系统结合SPRQ化学试剂的HiFi测序技术，可在更低测序深度下¹实现高精度变异检测，相比其他技术显著减少测序错误。1

强大的计算能力

Revio 系统内置多个强大的 NVIDIA GPU，提供的计算能力超出 Sequel IIe 系统 20 倍，通过仪器即可直接输出即时可用的准确数据。

HiFi read 生成

GPU 可为碱基检出与 HiFi read 生成缩短周转时间，直接以 BAM 格式输出 HiFi reads。

Google Health DeepConsensus

DeepConsensus 使用高级深度学习技术进一步提高了 HiFi 测序的准确度与产量。

甲基化检出

标准运行包括 DNA 甲基化状态，使用能处理聚合酶动力学的深度学习算法计算。

拆分

包括条形码拆分在内的所有基本处理步骤均在仪器上完成。

 

“…Revio 系统的高通量功能让我们能把 HiFi 技术应用到农业生物科技领域的大量应用中“

 ——Corteva Agriscience 生物技术与基因组学技术经理 Gina Zastrow-Hayes

REVIO 长读长测序方法对比

PacBio Revio with SPRQ SBS 测序 纳米孔测序
读长 15-20 kb5 2×150 bp 10-100 kb
Read 准确度 99.95% (Q33)1 99.92% (Q31)3 98.90% (Q19)4
运行时间 24 小时2 44 小时 72 小时
Yield 120-480 Gb2 2,400–3,000 Gb 50–110 Gb
Coverage Unbiased Reduced at low and high (GC) Reduced in low-complexity runs
Genome completeness6
✓
X
✓
Variant calling - SNVs, Indels, SVs5
✓
X
X
Areas of high homology
✓
X
X
Phasing
✓
X
✓
Methylation - 5mC and 6mA Every run Via library prep Every run

1. Read accuracy PacBio HiFi: precisionFDA Truth Challenge V2​
2. HiFi yield specification based on HG002/GM24385 human DNA extracted with Nanobind CBB kit and prepared with SMRTbell prep kit 3.0. Run time specification is for the sequencing reaction. HiFi yield is dependent on library fragment size. Yield is typically lower for shorter libraries.​

3. Illumina: HG002 2×150 bp NovaSeq library, precisionFDA Truth Challenge V2​
4. ONT: Q20+ chemistry (R10.4, Kit 12), Oct 2021 GM24385 Q20+ Simplex dataset release​
5. Shafin Nat Methods 2021 (https://doi.org/10.1038/s41592-021-01299-w)​
6. Cheng 2021 Nat Methods (https://doi.org/10.1038/s41592-020-01056-5) and Shafin 2020 Nat Biotech (https://doi.org/10.1038/s41587-020-0503-6)

 

工作流程

提取

Nanobind DNA 试剂盒可从各种样本类型中提取 HMW gDNA。

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文库制备

SMRTbell 制备试剂盒 3.0 支持人工与自动文库制备，能轻松创建 SMRTbell 文库。

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测序

Revio 系统能结合自身时间表灵活安排运行时间，因此可连续 24 小时同步运行 4 个 SMRT Cell。

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数据分析

Google Health 的高级算法与前沿的 NVIDIA GPU 可实现机载测序数据处理，输出文件大小均有缩小。

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更多 HIFI READS，更多样本，更多发现

System specifications with SPRQ chemistry

The Revio system utilizes nanofabricated Revio SMRT Cells and has four independent stages, allowing sequencing of multiple SMRT Cells in parallel. The onboard compute provides accurate basecalling with Google DeepConsensus, plus methylation calling in every run.

Library Run timea Q30+ bases HiFi yield per SMRT Cellb Methylation
1-5 kb 12 hours 95% 6-8 million reads 5mC at CpG sites and 6mA for native DNAc
5-10 kb 24 hours 90% 35-70 Gb
10-15 kb 70-100 Gb
15-20 kb 100-120 Gb
20-25 kb 30 hours 85% 100-120 Gb
  1. Run time refers to the data collection step, which determines the time between processing SMRT Cells.
  2. HiFi yield is dependent on library quality and sequencing preparation procedures.  Specified yield is based on high-quality samples prepared following best practices. 
  3. The Revio 6mA caller is designed to detect methylation in the context of the Fiber-seq chromatin assay.

 

仪器规格

运行环境
温度 19–25°C (66–77°F)
湿度 20%–80% 相对湿度，无冷凝
通风 13,000 BTU/h (3,800 W)
尺寸
W × D × H 92.7 厘米（36.5 英寸） × 91.4 厘米（36.0 英寸）× 174.5 厘米（68.7 英寸）
重量 465 千克（1,025 磅）
占地面积 243 厘米（96.0 英寸）× 138.5 厘米（54.5 英寸）
电功率
所需电源 200–240 VAC，50-60 Hz，max 5 kVA/4.8kW/24A
计算
网络连接 1 GbE 或 10 GbE 铜, RJ45 金属连接头
输出文件格式 hifi_reads.bam，每个文件大小 ≈55 Gb，每年高达 72 TB

下载规格表     访问数据集

常见问题

The SPRQ (pronounced “spark”) chemistry is our newest HiFi chemistry that makes sequencing more efficient and expands HiFi sequencing to more sample types and applications. SPRQ requires only 500 ng of native DNA, which opens up even more possibilities for your projects. Plus, SPRQ helps lower genome costs by increasing HiFi yields per SMRT Cell by 33%, allowing you to sequence two human genomes at 20X coverage per SMRT Cell. And that’s not all—SPRQ also enables deeper multiomic insights into chromatin architecture with Fiber-seq, using on-instrument 5mC and 6mA calling for greater precision in methylation detection.

The Revio system with SPRQ chemistry sequences two human genomes at 20x coverage for just $5006. Your local sales representative can provide detailed pricing in your currency. 6$500 per human HiFi genome assumes US list price of $995 for sequencing reagents for one Revio SPRQ SMRT Cell, which has an expected yield of 120 Gb, equivalent to two 20× human genomes.

单个 Revio SMRT Cell 所需测序试剂在美国的市场价为 995 美元，预期产量为 90 Gb，相当于 30X 人类基因组。您当地的销售代表可提供以当地货币表示的价格详情

是。同样的文库制备协议对 Sequel 系统与 Revio 系统均有效。因此，SMRTbell 文库可以跨系统使用。不过，各个系统使用的测序试剂（聚合酶/结合试剂盒、测序盘与 SMRT Cell 托盘）是特定的。

是。Hifi_reads.bam 格式继续遵守 SAM 规格。为提高数据量效率，Revio BAM 格式在碱基质量编码与 read 排序次序方面存在细微差异。

是。示例数据集位于此处。

  1. 显示数据针对用于 HG002/GM24385 的单 Revio SMRT Cell 芯片。
  2. 基于 HG002/GM24385 人类 DNA 的 HiFi 产出规格使用 Nanobind CBB 试剂盒提取，并用 SMRTbell 制备试剂盒 3.0 制备。
  3. 运行时间规格针对测序反应而言。
  4. 年通量基于 1,300 块 Revio SMRT Cell 芯片计算。
  5. 期望覆盖率与通量均为估计值。因文库质量与片段长度差异，覆盖率可能会有所不同。
  6. HiFi产量取决于于文库片段的大小。对于小于15 kb的文库，产量通常较低。

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